پیشینهٔ حضور یهودیان در افغانستان نامعلوم است و گمان میرود آنها پس از ویرانی معبدشان توسط بخت النصر فرمانروای قوم آشور در ۷۲۰ پیش از میلاد و تبعیدشان به بابل در ۵۶۰ پیش از میلاد، به مناطقی در جنوب عراق٬ ایران و افغانستان فعلی که زیر سلطهٔ آشوریان درآمده بود کوچانده شدند. با این همه یافتههای گوناگون و شواهد عمدهای وجود دارد که حضور مستمر یهودیان را از قرن هشتم تا قرن بیستم در سرزمین افغانستان نشان میدهد که بیشتر در شهرهای هرات، کابل، بلخ و بعضا در غزنی میزیستند.
تشکیل دولت اسرائیل در سال ۱۹۴۸ میلادی و جنگهای اعراب و اسرائیل به تشدید مخالفتها با یهودیان منجر شد. در سال ۱۹۵۰ میلادی که یهودیان به طور رسمی اجازه ترک افغانستان را داشتند، یهودیان بسیاری در نیمه اول قرن بیستم آن جا را ترک کرده و برخی از آنان در اسرائیل ساکن شدند. تبلیغات صهیونیستی به طور کامل در افغانستان ممنوع گردید و با این همه مهاجرت به آنجا فقط از اواخر سال ۱۹۵۱ م. اجازه داده شد. در سال ۱۹۶۷ م. تعداد یهودیان افغان که به اسرائیل مهاجرت نموده بودند به چهار هزار نفر رسید.
از ۱۹۵۲ م. یهودیان از خدمت در ارتش معاف شدند و مجبور بودند به جای آن مالیات معینی را پرداخت نمایند. در ۱۹۹۰ م. تنها ۱۵ تا ۲۰ خانواده در کابل باقی ماندند که آنان نیز در جریان جنگهای داخلی افغانستان آن جا را به قصد ترکمنستان، ازبکستان و هند ترک کردند. تا سال ۲۰۰۱ م. حداقل دو یهودی در کابل شناخته شدند. اسحاق لوی ۸۰ ساله سرایدار کنیسهٔ کابل در ژانویه ۲۰۰۵ درگذشت و برای به خاکسپاری در کوه زیتون در اورشلیم برده شد. در حال حاضر زبولون سیمینتوف تنها یهودی بازمانده در افغانستان است.
ازماندهٔ گورستان یهودیان هرات موسوم به (قبرستان موساییها)